Fmoc-3-chloro-L-homophenylalanine ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) กลุ่มป้องกัน Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ช่วยให้สามารถกำจัดได้อย่างเลือกสรรภายใต้สภาวะเบสอ่อน ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อน การมีกลุ่มคลอโรบนโซ่ข้างของ homophenylalanine นำเสนอคุณสมบัติ steric และ electronic ที่ไม่เหมือนใคร ซึ่งสามารถนำมาใช้ประโยชน์เพื่อปรับเปลี่ยนการโต้ตอบของเปปไทด์กับเป้าหมายทางชีวภาพ ทำให้มีประโยชน์ในการพัฒนายา 기반เปปไทด์ ตัวยับยั้งเอนไซม์ และโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) ในเปปไทด์ ซึ่งช่วยในการปรับปรุงสารประกอบบำบัด การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การสังเคราะห์ peptidomimetics ซึ่งช่วยเลียนแบบโครงสร้างเปปไทด์ธรรมชาติเพื่อเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพ