เบนซิลลิวซิเนต 4-เมทิลเบนซีนซัลโฟเนต ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ป้องกันของลิวซีน ซึ่งเป็นกรดอะมิโนสำคัญ ช่วยให้ความเสถียรในระหว่างปฏิกิริยาเคมี สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตายแข็ง (SPPS) ซึ่งช่วยในการสร้างเปปไทด์ทีละขั้นตอนโดยป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการพัฒนายา โดยเฉพาะการสังเคราะห์ยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ ซึ่งต้องการการควบคุมการรวมกรดอะมิโนอย่างแม่นยำ การใช้งานขยายไปยังห้องปฏิบัติการวิจัยที่มุ่งศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน โดยให้หน่วยย่อยที่เชื่อถือได้ในการสร้างลำดับเปปไทด์ที่ซับซ้อน