Fmoc-D-Pro-OPfp เป็นสารเคมีที่ใช้อย่างกว้างขวางในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธี solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นเทคนิคหลักในการสร้างเปปไทด์ในห้องปฏิบัติการ สารนี้ทำหน้าที่เป็นหน่วยสร้าง (building block) ที่มีกลุ่มป้องกัน Fmoc (9-fluorenylmethoxycarbonyl) ที่สามารถถอดออกได้ง่ายโดยใช้เบส เช่น ไพเพอรีดีน ทำให้สามารถควบคุมลำดับการเชื่อมต่อกรดอะมิโนได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ กลุ่ม OPfp (pentafluorophenyl ester) ในโครงสร้างยังช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการเกิดปฏิกิริยาเอสเทอริฟิเคชัน ทำให้กระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นไปอย่างรวดเร็วและมีประสิทธิภาพสูง สารนี้จึงเป็นที่นิยมใช้ในการวิจัยและพัฒนายาเปปไทด์ รวมถึงการศึกษาสารชีวโมเลกุลต่าง ๆ