Z-L-Alanine ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นสารป้องกันหมู่เอมีโนของอะลานีน ช่วยป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ระหว่างการสร้างพันธะเปปไทด์ ทำให้กระบวนการสังเคราะห์มีความจำเพาะและมีประสิทธิภาพ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการผลิตเปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อน ซึ่งต้องควบคุมลำดับและโครงสร้างอย่างแม่นยำ นอกจากนี้ Z-L-Alanine ยังใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีเพื่อศึกษากลไกของเอนไซม์และปฏิกิริยาโปรตีน ให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับบทบาทของอะลานีนในกระบวนการชีวภาพต่าง ๆ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การพัฒนายา โดยช่วยในการสร้างยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ที่มีความเสถียรและกิจกรรมสูงขึ้น