Z-3-(2-Naphthyl)-D-Alanine ถูกนำมาใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์เปปไทด์และการวิจัยทางชีวเคมี โดยทำหน้าที่เป็นบล็อกสร้างที่มีคีรอล (chiral building block) สำหรับสร้างเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติโครงสร้างและหน้าที่เฉพาะเจาะจง กลุ่มนาฟทิลช่วยเสริมความสามารถของเปปไทด์ในการโต้ตอบกับบริเวณไฮโดรโฟบิกในโปรตีน ทำให้มีคุณค่าต่อการศึกษาการโต้ตอบระหว่างโปรตีนและลิกานด์ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์และตัวกระตุ้น/ตัวแอนตากอนิสต์ของรีเซพเตอร์ โดยเฉพาะในโครงการค้นพบยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคที่ต้องการการรับรู้โมเลกุลอย่างแม่นยำ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยในการสำรวจสเตอรีโอเคมีในระบบชีวภาพ สนับสนุนการออกแบบตัวแทนบำบัดที่มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรสูงขึ้น