ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น มักใช้ในเคมีเปปไทด์ ซึ่งทำหน้าที่เป็นกลุ่มปกป้องสำหรับอะมีนในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ กลุ่มไตรฟลูออโรอะซิติลให้ความเสถียรและสามารถถอดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะอ่อนโยน ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาและสารประกอบชีวภาพ นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมสารประกอบที่มีกลุ่มไตรฟลูออโรเมทิล ซึ่งสำคัญในเคมียารักษาเนื่องจากมีเสถียรภาพทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้น