N-Acetyl-L-tryptophan ethyl ester ใช้หลัก ๆ ในงานวิจัยทางชีเคมีในฐานะสารตั้งต้นหรือสารกลางในการศึกษากิจกรรมของเอนไซม์ มักนำมาใช้เพื่อตรวจสอบกิจกรรมของเอนไซม์ เช่น esterases หรือ proteases ซึ่งสามารถตัดหรือดัดแปลงพันธะเอสเตอร์หรืออะไมด์ในสารประกอบนี้ ทำให้มีคุณค่าในการทำความเข้าใจกลไกและจลนศาสตร์ของเอนไซม์ นอกจากนี้ ยังใช้เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยสามารถรวมเข้าในโซ่เปปไทด์ที่ใหญ่ขึ้นเนื่องจากมีส่วนของ tryptophan ในบางกรณี ยังมีการสำรวจศักยภาพในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการออกแบบสารประกอบที่โต้ตอบกับระบบชีวภาพในระดับโมเลกุล การประยุกต์ใช้นี้ส่วนใหญ่จำกัดอยู่ในห้องปฏิบัติการ โดยมุ่งเน้นที่การวิจัยและพัฒนา มากกว่าการใช้ในอุตสาหกรรมหรือเชิงพาณิชย์โดยตรง