สารนี้มักถูกใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีน โดยทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่อะมิโนในกรดอะมิโน โดยเฉพาะในขั้นตอนการสังเคราะห์แบบ solid-phase peptide synthesis (SPPS) กลุ่มฟลูออเรนิลเมทิลออกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ที่อยู่ในโครงสร้างของสารนี้ช่วยป้องกันหมู่อะมิโนไม่ให้เกิดปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ และสามารถถูกกำจัดออกได้ง่ายโดยใช้เบส เช่น ไพเปอริดีน นอกจากนี้ กลุ่มคลอโรอะซิลในโมเลกุลยังช่วยเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพในการเชื่อมต่อกับเรซินที่ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์ ทำให้สารนี้มีประโยชน์อย่างมากในงานวิจัยและอุตสาหกรรมที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์เปปไทด์