FMOC-D-CYS(MTT)-OH ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในขั้นตอนของการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันของซัลเฟอร์ในซีสเตอีน เพื่อให้สามารถควบคุมการเกิดพันธะไดซัลไฟด์ได้อย่างแม่นยำ ตัวเคมีนี้มักถูกนำมาใช้ในเทคนิค Solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งช่วยให้การสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อนเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังมีความสำคัญในการผลิตเปปไทด์สำหรับการวิจัยทางชีววิทยาและเภสัชวิทยา เช่น การศึกษาพันธุกรรมและการพัฒนายาใหม่ๆ