Fmoc-3-Cyclopropylalanine ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ Solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นเทคนิคที่สำคัญในการสร้างเปปไทด์ในห้องปฏิบัติการ กลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่อะมิโน ช่วยให้สามารถควบคุมการเชื่อมต่อของกรดอะมิโนได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ไซโคลโพรพิลอะลานีนซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของโครงสร้างนี้ ยังมีบทบาทสำคัญในการปรับปรุงความเสถียรและความจำเพาะของเปปไทด์ที่สังเคราะห์ขึ้น มักถูกนำมาใช้ในการออกแบบยาหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีโครงสร้างเฉพาะเจาะจง เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ การใช้งานนี้ทำให้ Fmoc-3-Cyclopropylalanine เป็นสารเคมีที่มีความสำคัญในวงการวิจัยและพัฒนายา รวมถึงการศึกษาทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา