FMOC-HIS(MTT)-OH ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) เนื่องจากกลุ่มป้องกัน MTT (Methyltrityl) ช่วยป้องกันกลุ่มข้างของฮิสติดีนจากการทำปฏิกิริยาในขั้นตอนต่างๆ ของการสังเคราะห์ ทำให้สามารถควบคุมการเกิดปฏิกิริยาได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ กลุ่ม FMOC (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ยังช่วยในการป้องกันกลุ่มอะมิโนในช่วงการสังเคราะห์ และสามารถกำจัดออกได้ง่ายเมื่อสิ้นสุดกระบวนการ สารเคมีนี้จึงเป็นที่นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อสร้างเปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อนและมีความเฉพาะทางสูง