สารประกอบนี้ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอนแข็ง (SPPS) สารนี้ทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของอาร์จินีน โดยกลุ่ม Fmoc ปกป้องกลุ่มอะมิโน และกลุ่ม Mtr ปกป้องโซ่ข้างกวนิดีน การป้องกันนี้มีความสำคัญยิ่งในการป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ สารนี้ช่วยให้สามารถกำจัดกลุ่มป้องกันของกลุ่มอะมิโนได้อย่างเลือกสรร ทำให้สามารถเพิ่มกรดอะมิโนตามลำดับเพื่อสร้างโซ่เปปไทด์ที่ต้องการ กลุ่ม Mtr มีความเสถียรภายใต้สภาวะการกำจัด Fmoc มาตรฐาน แต่สามารถกำจัดได้อย่างเลือกสรรโดยใช้สารเคมีเฉพาะ เช่น TFA (กรดไตรฟลูออโรอะซิติก) เมื่อจำเป็น สิ่งนี้ทำให้สารนี้เป็นส่วนประกอบพื้นฐานที่มีคุณค่าในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะเปปไทด์ที่มีสารตกค้างอาร์จินีน ซึ่งมักยากต่อการจัดการเนื่องจากโซ่ข้างที่ทำปฏิกิริยาสูง การนำไปใช้มีบทบาทสำคัญในการผลิตเปปไทด์สำหรับการวิจัยเภสัชกรรม การพัฒนายา และการศึกษาทางชีวเคมี