L-Methionine methyl ester hydrochloride ใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและชีวเทคโนโลยีเป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับการสังเคราะห์เปปไทด์ มันทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ป้องกันของเมไทโอนีน เพื่อให้กรดอะมิโนคงตัวระหว่างปฏิกิริยาเคมี สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการผลิตเปปไทด์และโปรตีนเพื่อการบำบัด ซึ่งต้องการการควบคุมการรวมกรดอะมิโนอย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อศึกษากลไกของเอนไซม์และปฏิสัมพันธ์ของโปรตีน เนื่องจากสามารถเลียนแบบเมไทโอนีนตามธรรมชาติในกระบวนการทางชีวเคมีได้ บทบาทของมันในการเพิ่มประสิทธิภาพการสังเคราะห์เปปไทด์ทำให้เป็นส่วนประกอบที่สำคัญในพัฒนายาและการศึกษาชีววิทยาระดับโมเลกุล