L-Phenylalanine benzyl ester hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะบล็อกก่อสร้าง เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของ L-phenylalanine โดยกลุ่มเอสเตอร์เบนซิลช่วยปกป้องกลุ่มคาร์บอกซิลระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) และการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของเหลว ซึ่งช่วยให้สามารถสร้างเปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมเภสัชภัณฑ์ที่ 기반บนเปปไทด์และสารชีวภาพที่มีฤทธิ์ สนับสนุนความก้าวหน้าในการพัฒนายาและการวิจัยด้านการบำบัด ความเสถียรและความเข้ากันได้กับตัวเชื่อมโยง (coupling reagents) ต่างๆ ทำให้เป็นตัวเลือกที่น่าเชื่อถือในงานประยุกต์ทางเคมีอินทรีย์และเคมียารักษา