L-Phenylalanine benzyl ester p-toluenesulfonate ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในเคมีเปปไทด์ สารนี้ทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของ phenylalanine โดยกลุ่มเอสเตอร์เบนซิลช่วยปกป้องหมู่คาร์บอกซิลระหว่างการก่อตัวพันธะเปปไทด์ สารประกอบนี้มีคุณค่าต่อการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) เนื่องจากช่วยให้สามารถถอดการป้องกันแบบเลือกสรรและทำปฏิกิริยาการจับคู่ได้ ซึ่งช่วยให้การยืดห่วงโซ่เปปไทด์มีประสิทธิภาพและควบคุมได้ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์โมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน รวมถึงยาเภสัชภัณฑ์ ซึ่งการควบคุมการรวมกรดอะมิโนอย่างแม่นยำเป็นสิ่งสำคัญ ความเสถียรและความสะดวกในการจัดการทำให้เป็นตัวเลือกที่นิยมในงานวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมที่เกี่ยวข้องกับการวิศวกรรมเปปไทด์และโปรตีน