เอทิล แอล-ฟีนิลอะลานีนเอทฮีลไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์และสารประกอบทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของกรดอะมิโนฟีนิลอะลานีน ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่ควบคุมได้ในการสร้างพันธะเปปไทด์ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการวิจัยและพัฒนายา ที่ซึ่งการนำกรดอะมโนเข้าไปอย่างแม่นยำเป็นสิ่งจำเป็น นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตโมเลกุลคีรอล ช่วยในการสร้างสารบริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์สำหรับการประยุกต์ใช้ทาง درمانی และยังใช้ในการศึกษาทางชีวเคมีเพื่อตรวจสอบกลไกของเอนไซม์และปฏิกิริยาของโปรตีน