Fmoc-Thr(HPO3Bzl)-OH ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน กลุ่ม Fmoc ช่วยให้การถอดป้องกันแบบเลือกเพศได้ในระหว่างการสังเคราะห์ ขณะที่กลุ่ม HPO3Bzl ป้องกันโซ่ข้าง hydroxyl ของ threonine เพื่อป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการ สารประกอบนี้จำเป็นสำหรับการสร้างเปปไทด์ที่มี phosphorylated threonine residues ซึ่งมีความสำคัญในการศึกษากระบวนการ phosphorylation ในโปรตีน ใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชกรรมสำหรับการพัฒนายาเปปไทด์และการศึกษาการโต้ตอบระหว่างโปรตีน