Fmoc-Prolinol ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในเทคนิค Solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นวิธีการที่นิยมในการสร้างเปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อน เนื่องจาก Fmoc-Prolinol ทำหน้าที่เป็นทั้งตัวป้องกันกลุ่มฟังก์ชันและช่วยในการเชื่อมโยงเปปไทด์ นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมการผลิตยาเพื่อสร้างโมเลกุลเป้าหมายที่มีความจำเพาะสูง และยังมีบทบาทสำคัญในการวิจัยทางเคมีชีวภาพเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกของเอนไซม์ อีกทั้งยังถูกนำไปใช้ในการพัฒนาวัสดุชีวภาพและนาโนเทคโนโลยีอีกด้วย