1-(Fmoc-amino)cyclopentanecarboxylic acid ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีน โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่ง Fmoc group ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่อะมิโน ในระหว่างการสร้างสายเปปไทด์ หลังจากนั้นสามารถกำจัด Fmoc group ออกได้ง่ายด้วยเบส เช่น ไพเปอรีดีน เพื่อให้หมู่อะมิโนว่างสำหรับการเชื่อมต่อกับกรดอะมิโนตัวถัดไป นอกจากนี้ โครงสร้าง cyclopentane ในโมเลกุลนี้ยังช่วยเพิ่มความเสถียรและความจำเพาะในการออกแบบเปปไทด์ที่มีโครงสร้างเฉพาะทาง