Fmoc-S-xanthyl-L-cysteine ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับสารตกค้างซิสเทอีน กลุ่ม Fmoc รับประกันการถอดกลุ่มป้องกันแบบเลือกเพศในระหว่างการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตาย (solid-phase peptide synthesis) ซึ่งช่วยให้สามารถประกอบเปปไทด์ที่ซับซ้อนได้อย่างควบคุม หมู่ xanthyl ให้ความเสถียรและการป้องกันเพิ่มเติม โดยเฉพาะในการป้องกันการเกิดพันธะดิสอัลไฟด์ที่ไม่ต้องการ ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญสำหรับการรักษาความสมบูรณ์ของเปปไทด์ที่มีซิสเทอีน สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์สำหรับการวิจัยเภสัชกรรม ซึ่งต้องการการควบคุมปฏิกิริยาของซิสเทอีนอย่างแม่นยำ การประยุกต์ใช้ขยายไปสู่การพัฒนาเปปไทด์บำบัด การวิศวกรรมโปรตีน และการศึกษาทางชีวเคมีที่เกี่ยวข้องกับโปรตีนที่มีซิสเทอีนอุดมสมบูรณ์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีน โดยเฉพาะในกระบวนการ SPPS ซึ่งเป็นเทคนิคที่ใช้ในการสร้างสายเปปไทด์อย่างมีประสิทธิภาพ กลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่อะมิโน ในขณะที่กลุ่ม xanthyl ช่วยในการป้องกันหมู่ไทออลของซิสเทอีน เพื่อป้องกันการเกิดปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการระหว่างขั้นตอนการสังเคราะห์