Fmoc-N-Me-Ala-OH ใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะ building block โดยมีคุณค่าอย่างยิ่งในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) สำหรับการนำ alanine ที่ถูก methyl ที่กลุ่ม N เข้าไปในโซ่เปปไทด์ กลุ่ม Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็น protecting group สำหรับกลุ่มเอมีน ซึ่งช่วยให้สามารถ deprotect ได้อย่างเลือกสรรในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ สารนี้มีความสำคัญในการสร้างเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติโครงสร้างและหน้าที่เฉพาะเจาะจง มักใช้ในงานพัฒนายาและวิจัยทางชีวเคมี การใช้สารนี้ช่วยเพิ่มความเสถียรของเปปไทด์และปรับเปลี่ยนกิจกรรมทางชีวภาพ ทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการออกแบบเปปไทด์เพื่อการบำบัดและศึกษาการโต้ตอบของโปรตีน