Fmoc-Orn(Mtt)-OH ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) เนื่องจากกลุ่ม Mtt (4-methyltrityl) สามารถป้องกันกลุ่มข้างของออร์นิธีนได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้สามารถควบคุมการเกิดปฏิกิริยาเฉพาะที่ได้ดี นอกจากนี้ กลุ่ม Fmoc (9-fluorenylmethoxycarbonyl) ยังช่วยในการป้องกันกลุ่มเอมีนหลัก และสามารถกำจัดออกได้ง่ายด้วยเบส เช่น ไพเปอริดีน ทำให้สารนี้เป็นที่นิยมในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีความซับซ้อนและมีความยาวมาก โดยเฉพาะในงานวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา