Fmoc-Lys(Alloc)-OH ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในการสร้างเปปไทด์ที่มีความซับซ้อนและมีความจำเพาะสูง เนื่องจากกลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่สามารถถอดออกได้ง่ายในขั้นตอนการสังเคราะห์ นอกจากนี้ กลุ่ม Alloc (Allyloxycarbonyl) ที่อยู่ในโครงสร้างยังช่วยให้สามารถควบคุมการป้องกันกลุ่มข้างเคียงของไลซีนได้อย่างมีประสิทธิภาพ สารเคมีนี้มักใช้ในเทคนิค Solid-Phase Peptide Synthesis (SPPS) ซึ่งช่วยให้การสังเคราะห์เปปไทด์เป็นไปอย่างแม่นยำและมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในกระบวนการสร้างโมเลกุลชีวภาพอื่น ๆ ที่ต้องการการควบคุมการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันอย่างละเอียดอ่อน Fmoc-Lys(Alloc)-OH ยังมีบทบาทสำคัญในการวิจัยทางเภสัชวิทยาและชีวเคมี โดยเฉพาะในการพัฒนายาและวัคซีนที่เกี่ยวข้องกับเปปไทด์ รวมถึงการสร้างโมเลกุลสำหรับการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนและเปปไทด์