Fmoc-Thr-OH ถูกใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบของแข็ง (Solid-phase peptide synthesis: SPPS) โดยทำหน้าที่เป็นหน่วยสร้างสำหรับกรดอะมิโนทรีโอนีน (Threonine) กลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่ช่วยในการควบคุมการเชื่อมต่อของกรดอะมิโนในลำดับที่ถูกต้อง หลังจากนั้นสามารถกำจัดออกได้ง่ายโดยใช้เบส เช่น ไพเปอรีดีน ทำให้ได้เปปไทด์ที่มีโครงสร้างที่ต้องการ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา เพื่อพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีประสิทธิภาพ