Fmoc-L-Indoline-2-carboxylic acid ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธี Solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นเทคนิคที่สำคัญในการสร้างเปปไทด์และโปรตีนในห้องปฏิบัติการ กลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ในโครงสร้างทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่อะมิโน ช่วยให้สามารถควบคุมการเชื่อมต่อของกรดอะมิโนได้อย่างแม่นยำในแต่ละขั้นตอนของการสังเคราะห์ สารนี้ถูกใช้เพื่อนำหมู่อินโดไลน์เข้าไปในโซ่เปปไทด์ ซึ่งสามารถเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพหรือความเสถียรของเปปไทด์ที่ได้ นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนา peptidomimetics และโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ โดยโครงสร้างอินโดไลน์มีบทบาทสำคัญในการเลียนแบบโครงสร้างเปปไทด์ธรรมชาติหรือโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพ รวมถึงการประยุกต์ใช้ในงานวิจัยทางเคมีเภสัชวิทยาเพื่อออกแบบและสังเคราะห์ยารักษาใหม่ๆ