สารนี้ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์แบบของแข็ง (Solid-phase peptide synthesis, SPPS) ซึ่งเป็นเทคนิคที่นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อสร้างเปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อน โดย Fmoc-L-Cys(Stmp)-OH ทำหน้าที่เป็นหน่วยสร้างของซีสเตอีน (cysteine) ที่ได้รับการป้องกันกลุ่มไทออล (thiol group) ด้วยกลุ่ม Stmp ซึ่งช่วยป้องกันการเกิดปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ระหว่างขั้นตอนการสังเคราะห์ หลังจากเสร็จสิ้นกระบวนการสังเคราะห์ กลุ่ม Stmp สามารถถูกกำจัดออกได้อย่างง่ายดาย เพื่อให้ได้ซีสเตอีนอิสระที่สามารถสร้างพันธะไดซัลไฟด์ (disulfide bond) ซึ่งมีความสำคัญในการสร้างโครงสร้างสามมิติของโปรตีนและเปปไทด์ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีของซีสเตอีนและพัฒนายาเปปไทด์ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง