FMOC-L-3-Trifluoromethylphe ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธีการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) สารนี้ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยกลุ่ม FMOC ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันชั่วคราวสำหรับส่วนของเอมีนในระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีสารตกค้าง trifluoromethylphenylalanine ซึ่งมีความสำคัญในเคมียารักษาและการพัฒนายา เนื่องจากคุณสมบัติพิเศษที่เกิดจากกลุ่ม trifluoromethyl เช่น ความเสถียรทางเมแทบอลิซึมที่เพิ่มขึ้นและ lipophilicity นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมเภสัชภัณฑ์ที่อิงเปปไทด์ เปปไทด์ชีวภาพ และในการวิจัยที่มุ่งศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรมของเปปไทด์ การประยุกต์ใช้นี้ยังขยายไปสู่การพัฒนาไลบรารีเปปไทด์สำหรับการคัดกรองแบบไฮสปีดในกระบวนการค้นพบยา