ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) กลุ่ม Fmoc ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่อะมิโน ช่วยให้สามารถถอดกลุ่มป้องกันและยืดสายเปปไทด์ได้อย่างควบคุม การมีอะตอมคลอรีนบนวงแหวนฟีนิลสามารถมีอิทธิพลต่อปฏิกิริยาและความเสถียรของเปปไทด์ ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบเปปไทด์ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหรือคุณสมบัติเฉพาะ ใช้บ่อยในการพัฒนายา เปปไทด์ชีวภาพ และเครื่องมือวิจัยสำหรับศึกษาการโต้ตอบระหว่างโปรตีน-โปรตีน โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ยังช่วยในการสร้างเปปไทด์ที่ถูกดัดแปลงสำหรับระบบการส่งยาแบบกำหนดเป้าหมายหรือตัวยับยั้งเอนไซม์