Fmoc-L-2-carbamoylphenylalanine ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) มันทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยที่กลุ่ม Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันชั่วคราวสำหรับฟังก์ชันอะมิโน ซึ่งช่วยให้สามารถเพิ่มกรดอะมิโนตามลำดับเพื่อสร้างเปปไทด์ด้วยความแม่นยำสูง กลุ่มคาร์บามอยล์บนโซ่ข้างของฟีนิลอะลานีนสามารถมีส่วนร่วมในปฏิกิริยาเฉพาะหรือการปรับเปลี่ยนเพิ่มเติม ทำให้มีคุณค่ากในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่ซับซ้อนหรือเปปไทด์เลียนแบบ การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญในการพัฒนายาเภสัชภัณฑ์ เปปไทด์ชีวภาพ และเครื่องมือวิจัยสำหรับศึกษาการโต้ตอบระหว่างโปรตีน-โปรตีน นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมวัสดุที่ตั้งอยู่บนฐานเปปไทด์และในการสำรวจตัวแทนบำบัดใหม่