Fmoc-D-IsoAsn-OH ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์แบบโซลิดเฟส (Solid-phase peptide synthesis) ซึ่งเป็นเทคนิคที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการสร้างเปปไทด์และโปรตีนในห้องปฏิบัติการ ตัวเคมีนี้ทำหน้าที่เป็นหน่วยโครงสร้างที่ช่วยในการสร้างลำดับเปปไทด์ตามที่ต้องการ โดยกลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่สามารถกำจัดออกได้ง่ายในขั้นตอนการสังเคราะห์ นอกจากนี้ D-IsoAsn (D-Isoasparagine) ยังช่วยในการปรับปรุงความเสถียรและประสิทธิภาพของเปปไทด์ที่สังเคราะห์ขึ้น ซึ่งเป็นประโยชน์ในการวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา