Fmoc-D-Cys(phacm) ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) เนื่องจากกลุ่มป้องกัน phacm ช่วยป้องกันการเกิดปฏิกิริยาข้างเคียงที่ไม่ต้องการในระหว่างการสังเคราะห์ นอกจากนี้ยังช่วยให้สามารถควบคุมการเกิด disulfide bond ได้อย่างแม่นยำเมื่อต้องการสร้างโครงสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อน เป็นสารที่มีประโยชน์ในงานวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา เพื่อพัฒนายาหรือสารชีวโมเลกุลที่มีประสิทธิภาพ