Fmoc-Arg-OH.HCl ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีน โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นเทคนิคที่นิยมในการสร้างสายเปปไทด์ในห้องปฏิบัติการ เนื่องจากกลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่สามารถกำจัดออกได้ง่ายโดยใช้เบส เช่น ไพเพอริดีน ทำให้สามารถควบคุมการสร้างสายเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา เพื่อพัฒนายาและสารชีวโมเลกุลใหม่ๆ ที่มีศักยภาพในการรักษาโรค