Fmoc-4-tert-butoxy-L-proline ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) มันทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของ proline โดยที่กลุ่ม Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ปกป้องกลุ่มอะมิโน และกลุ่ม tert-butoxy ปกป้องกลุ่มไฮดรอกซิล การป้องกันนี้ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่เลือกสรรได้ในระหว่างการประกอบสายเปปไทด์ ป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ มันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่ซับซ้อนและ peptidomimetics ซึ่งการควบคุมการนำอะมิโนกรดเข้าไปอย่างแม่นยำเป็นสิ่งสำคัญ นอกจากนี้ ความเสถียรของมันภายใต้สภาวะ SPPS มาตรฐานทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่เชื่อถือได้สำหรับการผลิตเปปไทด์ที่ใช้ในการพัฒนายา การวิจัยทางชีวเคมี และการประยุกต์ใช้ทางรักษา