สารนี้ใช้กันอย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะหน่วยย่อยสำหรับสร้างเปปไทด์ที่กำหนดเอง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) เนื่องจากมีทั้งกลุ่มป้องกัน Boc (tert-butyloxycarbonyl) และ Fmoc (9-fluorenylmethoxycarbonyl) ซึ่งช่วยให้สามารถถอดกลุ่มป้องกันได้อย่างเลือกสรรและยืดสายเปปไทด์ทีละขั้นตอน กลุ่ม Boc ป้องกันหมู่อะมิโนของสายข้าง ในขณะที่กลุ่ม Fmoc ป้องกันหมู่อะมิโนหลักและสามารถถอดออกภายใต้สภาวะเบสอ่อนโดยไม่กระทบต่อกลุ่มฟังก์ชันอื่นๆ ทำให้มีความยืดหยุ่นสูงในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะอย่างยิ่งที่ประกอบด้วยสารประกอบ phenylalanine ที่ถูกดัดแปลง สารนี้ถูกนำมาใช้อย่างทั่วไปในการพัฒนายา เปปไทด์ชีวภาพ และสารวิจัย ซึ่งการควบคุมโครงสร้างเปปไทด์อย่างแม่นยำเป็นสิ่งสำคัญ นอกจากนี้ ความเสถียรและความเข้ากันได้กับสาร coupling ต่างๆ ทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบทั้งในสถานศึกษาและอุตสาหกรรมสำหรับการใช้งานที่เกี่ยวข้องกับเปปไทด์