Fmoc-3-Amino-3-(3-fluorophenyl)-propionic acid ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะบล็อกก่อสร้าง กลุ่มป้องกัน Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ช่วยให้สามารถกำจัดแบบเลือกเฉพาะได้ ทำให้มีคุณค่าต่อการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง (solid-phase peptide synthesis) สารนี้มีประโยชน์โดยเฉพาะในการสร้างเปปไทด์ที่มีโซ่ข้างอะโรมาติกฟลูออรีนเฉพาะเจาะจง ซึ่งสามารถเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพหรือความเสถียรของเปปไทด์ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในเคมียารักษาเพื่อออกแบบยาตัวสมัคร โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์หรือลิแกนด์รีเซพเตอร์ โดยอะตอมฟลูออรีนสามารถปรับปรุงความสัมพันธ์ในการจับหรือความเสถียรทางเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการวิจัยชีวเคมีเพื่อศึกษาการโต้ตอบโปรตีน-โปรตีนและออกแบบโพรบหรือตัวเครื่องหมายที่ขึ้นอยู่กับเปปไทด์