Fmoc-3-(2-naphthyl)-alanine ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตาย (SPPS) ประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นหน่วยก่อสร้างสำหรับนำกลุ่ม 2-naphthyl เข้าไปในเปปไทด์ ซึ่งช่วยเพิ่มความสามารถในการจับเฉพาะและความเสถียรของเปปไทด์ ประกอบนี้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ เนื่องจากกลุ่ม naphthyl สามารถปรับปรุงปฏิสัมพันธ์กับโปรตีนหรือตัวรับเป้าหมาย นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีน-โปรตีน และในการออกแบบตัวยับยั้งเปปไทด์สำหรับการประยุกต์ทางการรักษา นอกจากนั้น คุณสมบัติการเรืองแสงของมันยังทำให้มีประโยชน์ในการทดสอบทางชีวเคมีและการศึกษา imaging