Fmoc-3-(2-Naphthyl)-D-alanine ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นเทคนิคที่ใช้ในการสร้างเปปไทด์อย่างมีประสิทธิภาพ กลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่สำคัญสำหรับหมู่อะมิโน ในขณะที่โครงสร้างแนฟทิลช่วยเพิ่มความเสถียรและความจำเพาะของเปปไทด์ที่สังเคราะห์ได้ นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในการศึกษาปฏิสัมพันธ์ของโปรตีนและเปปไทด์ รวมถึงการออกแบบยาและสารชีวโมเลกุลที่มีความซับซ้อน