Fmoc-3-(1-naphthyl)-L-alanine ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งทำหน้าที่เป็นหน่วยสร้าง (building block) สำหรับนำเงานาฟทิลอะลานีน (naphthylalanine residues) เข้าสู่โครงสร้างเปปไทด์ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติโครงสร้างหรือหน้าที่เฉพาะเจาะจง มักนำไปใช้ในงานค้นคว้าพัฒนายา (drug discovery) และการวิจัยทางชีวเคมี กลุ่ม Fmoc ทำหน้าที่ปกป้องกรดอะมิโนระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ เพื่อให้มั่นใจในการประกอบโซ่เปปไทด์ที่ควบคุมได้และแม่นยำ กลุ่มข้างนาฟทิล (naphthyl side chain) สามารถเสริมสร้างปฏิกิริยาพันธะไฮโดรโฟบิก (hydrophobic interactions) ทำให้มีประโยชน์ในการออกแบบเปปไทด์สำหรับการศึกษาการจับคู่ (binding studies) หรือเลียนแบบปฏิกิริยาโปรตีน-โปรตีน (protein-protein interactions) นอกจากนี้ ยังใช้กันอย่างแพร่หลายในการพัฒนาเปปไทด์ชีวภาพ (bioactive peptides) ยับยั้งเอนไซม์ (enzyme inhibitors) และโพรบสำหรับศึกษาระบบชีววิทยา