Fmoc-α-Me-Ala-OH ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นเทคนิคที่นิยมใช้ในการสร้างสายเปปไทด์อย่างมีประสิทธิภาพ สารนี้ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยกลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันชั่วคราวสำหรับหมู่เอมีน ซึ่งสามารถกำจัดออกได้ง่ายโดยใช้เบส เช่น ไพเปอรีดีน ทำให้สามารถประกอบเปปไทด์แบบต่อเนื่องโดยการคัดเลือกกำจัดการป้องกันและการจับคู่อะมิโนกรด กลุ่ม α-methyl สร้างการขัดขวางเชิง steric ซึ่งสามารถมีอิทธิพลต่อการกำหนดรูปแบบและความเสถียรของเปปไทด์ ทำให้มีคุณค่ากในการออกแบบ peptidomimetics และ bioactive peptides การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญในงานวิจัยเภสัชกรรม โดยช่วยในการพัฒนายา 기반เปปไทด์ ตัวยับยั้งเอนไซม์ และโพรบสำหรับศึกษาการโต้ตอบของโปรตีน นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่ดัดแปลงสำหรับการศึกษากายภาพและหน้าที่ในชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล สารนี้จึงมีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาและสารชีวโมเลกุลที่มีศักยภาพทางการรักษา