สารประกอบนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธีการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) กลุ่ม Fmoc ทำหน้าที่เป็นกลุ่มปกป้องสำหรับหมู่เอมีน ช่วยให้สามารถถอดการปกป้องอย่างเลือกสรรและยืดสายโซ่เปปไทด์ได้ การนำสารนี้เข้าไปในเปปไทด์มีคุณค่าในการพัฒนาเปปไทด์ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ โดยเฉพาะที่มุ่งเป้าไปยังตัวรับหรือเอนไซม์เฉพาะ กลุ่มฟลูออโร-ฟีนิลช่วยเพิ่มความสามารถในการจับคู่และความเสถียรของเปปไทด์ ทำให้มีประโยชน์ในการค้นคว้าและพัฒนายา นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาการโต้ตอบระหว่างเปปไทด์-โปรตีน และการออกแบบยารักษาที่มีฐานเป็นเปปไทด์สำหรับภาวะเช่นมะเร็ง การอักเสบ และโรคเมแทบอลิก นอกจากนั้นยังประยุกต์ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์เลียนแบบและโพรบสำหรับการวิจัยทางชีวเคมี