Fmoc-(S)-3-Amino-3-(4-fluorophenyl)-propionic acid ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) กลุ่ม Fmoc ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับฟังก์ชันอะมีน เพื่อให้มั่นใจในการถอดกลุ่มป้องกันอย่างเลือกสรรระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ สารประกอบนี้มีคุณค่าต่อการรวมกรดอะมิโนอะโรมาติกที่ถูกฟลูออรีนเข้าไปในเปปไทด์ ซึ่งสามารถเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพ ความเสถียร และความสัมพันธ์ในการจับของเปปไทด์ที่ได้ มันถูกนำมาใช้บ่อยในการพัฒนาเปปไทด์ทางเภสัชกรรม โมเลกุลชีวกิจกรรม และเครื่องมือวิจัยสำหรับศึกษาการโต้ตอบระหว่างโปรตีน-โปรตีน กลุ่มฟีนิลที่ถูกฟลูออรีนสามารถถูกนำมาใช้เพื่อแนะนำคุณสมบัติเฉพาะ เช่น เพิ่ม lipophilicity หรือปรับปรุงความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ในยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์