Fmoc-(R)-3-amino-5-hexenoic acid ถูกใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) สารนี้ทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยสำหรับนำโครงสร้างเฉพาะเจาะจงเข้าไปในเปปไทด์ กลุ่ม Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่เอมีน ซึ่งช่วยให้สามารถถอดกลุ่มป้องกันได้อย่างควบคุมในระหว่างการสังเคราะห์ ส่วนของ hexenoic acid ในสารนี้ให้จุดปฏิกิริยาที่ตอบสนองสำหรับการปรับแต่งเพิ่มเติมหรือการเชื่อมต่อ ทำให้มีคุณค่าต่อการออกแบบยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ วัสดุชีวภาพ หรือโปรบ จุดศูนย์ chiral ของมันช่วยให้สามารถนำสเตอรีโอเคมีเข้าไปในโซ่เปปไทด์ ซึ่งมีความสำคัญต่อกิจกรรมทางชีวภาพในเปปไทด์บำบัดหลายชนิด นอกจากนี้ พันธะคู่ในส่วนข้างของ hexenoic acid ยังสามารถนำมาใช้ในเคมีคลิกหรือปฏิกิริยาการเชื่อมขวาง ซึ่งขยายการใช้งานใน bioconjugation และการประยุกต์ใช้วิทยาศาสตร์วัสดุ