Fmoc-(R)-3-Amino-4-(1-naphthyl)-butyric acid ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะหน่วยสร้าง (building block) โดยมีคุณค่าอย่างยิ่งในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) เนื่องจากมีกลุ่มป้องกัน Fmoc ซึ่งสามารถกำจัดได้ง่ายภายใต้สภาวะเบสอ่อน กลุ่ม naphthyl ในโครงสร้างให้ความใหญ่เชิง steric และเพิ่มความ hydrophobic ของเปปไทด์ ทำให้มีประโยชน์ในการออกแบบเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติโครงสร้างและหน้าที่เฉพาะ สารประกอบนี้มักใช้ในการพัฒนาเปปไทด์ชีวภาพ สารยับยั้งเอนไซม์ และ peptidomimetics ซึ่งการรวมกลุ่มอะโรมาติกมีความสำคัญสำหรับปฏิกิริยาการจับ นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยที่มุ่งศึกษาปฏิกิริยาเปปไทด์-โปรตีน และในการสังเคราะห์ยาที่มีฐานเปปไทด์ โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครช่วยให้สามารถสร้างเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติปรับแต่งสำหรับการประยุกต์ใช้ในเคมียาและชีวเคมี