สารประกอบนี้ถูกนำมาใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยสำหรับการนำเข้าส่วนประกอบกรดอะมิโนเฉพาะเจาะจงเข้าไปในโซ่เปปไทด์ โดยเฉพาะในกรณีที่การควบคุมสเตอริโอเคมีมีความสำคัญ กลุ่มฟลูออเรนิลเมทอกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ปกป้องหน้าที่ของกลุ่มอะมิโน อนุญาตให้ทำการกำจัดป้องกันอย่างเลือกสรรในระหว่างการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง ส่วนของนาฟทาลีนในโครงสร้างสามารถมีส่วนช่วยในการโต้ตอบแบบไฮโดรโฟบิกในเปปไทด์ที่ได้ ทำให้มีคุณค่าต่อการออกแบบเปปไทด์สำหรับการศึกษาไบโอเคมีหรือการพัฒนายา สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในงานวิจัยที่มุ่งเน้นการสร้างวัสดุฐานเปปไทด์หรือโปรบสำหรับระบบชีวภาพ