สารเคมีนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับกรดอะมิโน กลุ่มฟลูออเรนิลเมทอกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ช่วยปกป้องกลุ่มเอมีโนระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ เพื่อป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่พึงประสงค์ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) ซึ่งช่วยให้สามารถเพิ่มกรดอะมิโนตามลำดับเพื่อสร้างเปปไทด์ ส่วนของนาฟทาลีนช่วยเพิ่มความเสถียรของสารประกอบและสามารถมีอิทธิพลต่อคุณสมบัติโดยรวมของเปปไทด์ที่ถูกสังเคราะห์ หลังจากประกอบสายเปปไทด์แล้ว กลุ่ม Fmoc สามารถถอดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะอ่อนโยน ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายในการผลิตเปปไทด์ที่ซับซ้อนสำหรับงานวิจัยและการประยุกต์ใช้ทางเภสัชกรรม