D-Alanine benzyl ester p-toluenesulfonate salt ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นสารป้องกันกลุ่มคาร์บอกซิลของ D-alanine สารประกอบนี้ช่วยในการสร้างพันธะเปปไทด์แบบเลือกสรร โดยป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่พึงประสงค์ที่ตำแหน่งคาร์บอกซิลระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการผลิตเปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อน ซึ่งจำเป็นต้องควบคุมลำดับและโครงสร้างอย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการเตรียมสารประกอบ chiral และในการวิจัยเภสัชกรรมเพื่อพัฒนายาที่มีคุณสมบัติ stereochemical เฉพาะ ความเสถียรและความง่ายในการกำจัดทำให้เป็นตัวเลือกที่นิยมในการสังเคราะห์อินทรีย์และการศึกษาทางชีวเคมี