D-Tryptophan Benzyl Ester Hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของทริปโตเฟน ซึ่งเป็นกรดอะมิโนที่สำคัญ ช่วยให้ส่วนข้างอินโดลคงสภาพเดิมในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการผลิตเปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อน ซึ่งต้องมีการป้องกันและถอนการป้องกันกรดอะมิโนอย่างเลือกสรร นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมี เพื่อช่วยในการศึกษากลไกของเอนไซม์และปฏิกิริยาของโปรตีน บทบาทในการอำนวยความสะดวกในการสร้างโซ่เปปไทด์อย่างแม่นยำ ทำให้เป็นสารเคมีสำคัญทั้งในการพัฒนายาและการวิจัยทางวิชาการ