Boc-β-Ala-OH ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะกลุ่มป้องกันสำหรับกรดอะมิโน β-อะลานีน กลุ่ม Boc (tert-butyloxycarbonyl) ปกป้องส่วนของอะมีนในระหว่างปฏิกิริยาการจับคู่ เพื่อให้มั่นใจในการยืดห่วงโซ่เปปไทด์ที่เลือกสรรและมีประสิทธิภาพ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) ซึ่งช่วยป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์และรักษาความสมบูรณ์ของลำดับเปปไทด์ หลังจากการสังเคราะห์เสร็จสิ้น กลุ่ม Boc สามารถถูกกำจัดออกได้อย่างง่ายดายภายใต้สภาวะกรด อนุญาตให้มีการปรับเปลี่ยนเพิ่มเติมหรือขั้นตอนการกำจัดป้องกัน ความเสถียรและความเข้ากันได้กับสารเคมีต่างๆ ทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในการเตรียมเปปไทด์ที่ซับซ้อนและโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ นอกจากนี้ Boc-β-Ala-OH ยังถูกใช้ในการพัฒนาเปปไทโดมิมเมติกส์และผู้สมัครยา ซึ่ง β-อะลานีนทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักเพื่อเพิ่มความเสถียร ความละลาย หรือกิจกรรมทางชีวภาพ