Boc-D-Pen(Mob)-OH ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการสร้างเปปไทด์และโปรตีนที่มีโครงสร้างซับซ้อน มันทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน เพื่อให้แน่ใจว่ากลุ่มฟังก์ชันเฉพาะจะคงสภาพเดิมระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ให้การป้องกันสำหรับกลุ่มอะมิโน ในขณะที่กลุ่ม Mob (4-methoxybenzyl) ปกป้องความเป็น thiol ของส่วนของ penicillamine การป้องกันนี้มีความสำคัญสำหรับการเกิดปฏิกิริยาที่เลือกสรรและการรักษาโครงสร้างเปปไทด์ที่ต้องการ

สารเคมีนี้ถูกนำมาใช้อย่างทั่วไปในการพัฒนาเปปไทด์บำบัด ยับยั้งเอนไซม์ และสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพอื่นๆ การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญอย่างยิ่งในการวิจัยที่เกี่ยวข้องกับการค้นพบยาที่ใช้ฐานเปปไทด์และการศึกษาทางชีวเคมี นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา เพื่อพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีประสิทธิภาพสูง โดยเฉพาะในด้านการออกแบบและสังเคราะห์เปปไทด์ที่สามารถจับกับเป้าหมายทางชีวภาพได้อย่างแม่นยำ เช่น ตัวรับบนผิวเซลล์หรือเอนไซม์ นอกจากนี้ ยังมีบทบาทสำคัญในการศึกษากลไกการทำงานของโปรตีนและเปปไทด์ในร่างกายอีกด้วย