สารเคมีนี้ถูกนำไปใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการปกป้องกลุ่มฟังก์ชันของกรดอะมิโนอาร์จินีนระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ เนื่องจากกลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) และ Mts (2,4,6-trimethoxybenzenesulfonyl) ช่วยป้องกันไม่ให้กลุ่มข้างของอาร์จินีนเกิดปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ รูปแบบเกลือ cyclohexylammonium ช่วยเพิ่มความละลายในตัวทำละลายอินทรีย์ ทำให้เหมาะสำหรับการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตายตัว สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างเปปไทด์หรือโปรตีนที่ซับซ้อนซึ่งต้องการการควบคุมการนำอาร์จินีนเข้าไปอย่างแม่นยำ หลังการสังเคราะห์ กลุ่มปกป้องสามารถถูกกำจัดออกอย่างเลือกสรรเพื่อให้ได้ลำดับเปปไทด์ที่ต้องการ สารนี้จำเป็นต่อการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างเปปไทด์ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ ฮอร์โมน หรือยารักษา